基于RNA-seq技术分析模拟微重力的作用机制

摘要：

目的 利用RNA转录组测序技术(RNA-seq)筛选模拟微重力(SMG)作用前后的差异表达基因(DEG),并探讨SMG在转录组学层面对人体细胞的作用机制.方法 按照不同培养条件将人白血病细胞HL-60分为3组:常规重力(NG)组、SMG组和SMG-NG(SMGNG)组,利用RNA-seq筛选SMG作用前后HL-60细胞mRNA DEG;用基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)进行功能注释,分析SMG调节的通路及在恢复NG后可快速回复及不可快速回复的通路.结果 与NG组相比,SMG组中共检测到735个DEG(424个上调和311个下调),其中有624个DEG的表达在SMGNG中可快速回复,110个DEG的表达在SMGNG中不可快速回复;GO、KEGG分析发现可快速回复的DEG与信号转导、脂质代谢、免疫调节及细胞凋亡高度相关,不可快速回复的DEG主要参与核苷酸结合寡聚化结构域(NOD)样受体信号转导相关通路、类固醇代谢和骨代谢过程.结论 初步明确了SMG调控的靶基因及信号通路,为进一步研究微重力的生物学功能及机制奠定了基础.

关键词：模拟微重力、HL-60细胞、RNA-seq、转录组、差异表达基因、信号通路

所属期刊栏目：47

分类号：Q753;R852.22(分子遗传学)

资助基金：科技部重点研发计划;国家自然科学基金

在线出版日期：2023-07-25（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：481-486