16S扩增子技术研究海鲜样本菌群结构组成

摘要：

目的 使用高通量测序方法探究海鲜样本菌群组成,为基于宏基因组方法的食品潜在致病风险分析和病原体监测提供参考.方法 对来自北戴河某海鲜市场的8种海鲜样本进行16S扩增子测序,使用生物信息学方法对物种组成和微生物多样性进行分析.结果 北戴河不同类型海鲜样品菌群结构均以变形菌门(Proteobacteria)、浮霉菌门(Planctomycetes)、柔膜菌门(Tenericutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、梭杆菌门(Fusobacteria)、蓝藻(Cyanobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、放线菌门(Actinobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes)为主,变形菌门的流行说明具有腐败风险.样本间优势菌群存在差异,属水平栖热菌属和假单胞菌属的存在提示有致病的可能性.同源性序列比对检测到副溶血弧菌并使用PCR验证到2例副溶血弧菌阳性.结论 该研究分析4种不同类型海鲜样本的优势菌群及可能的致病风险,并检测到致病病原副溶血弧菌,可为防控北戴河地区食源性疾病暴发提供决策依据.

关键词：16S扩增子测序、海鲜样本、菌群组成

所属期刊栏目：43

分类号：Q93;R378(微生物学)

资助基金：国家科技重大专项2018ZX10201001-003;北京市科技新星计划Z181100006218110

在线出版日期：2019-11-11（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：282-287