基于高通量测序数据的快速病毒物种分析工具

摘要：

目的 基于高通量测序技术,开发一款轻量级的、使用方便的快速病毒鉴定工具.方法 构建本地化的病毒核酸序列数据库,对大型公共数据库中的病毒核酸序列,按同源性进行去冗余等处理.基于该数据库,实现自动化的数据库比对、de novo拼接和再比对的生物信息学流程,解读数据中病毒的信息.采用Django框架,对数据库、流程和结果进行封装,使用中文操作界面,并采取一键出结果的方式,用图表的形式在浏览器端展示病毒分析结果.结果 该工具可安装运行于普通个人计算机.利用5例腺病毒非培养样本高通量测序数据(1.78 Gbp)和5例埃博拉病毒非培养样本数据(0.93 Gbp)进行测试,分别在2.9和67.9 min完成整个分析流程,并返回正确、易读的病毒物种的分析结果.结论 该工具部署方便、操作简单,可快速实现病毒物种水平的鉴定,适用于生物安全事件的快速响应,为病毒病原体进一步确证和研究提供依据和参考.

关键词：病毒鉴定、病毒数据库、高通量测序、埃博拉病毒、酶联免疫吸附测定、聚合酶链反应、计算生物学

所属期刊栏目：42

分类号：R373(医学微生物学（病原细菌学、病原微生物学）)

资助基金：国家自然科学基金重点资助项目U1435222;深圳市科技计划资助项目JCYJ20170818110101726

在线出版日期：2018-08-23（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：220-226