RIP-Seq技术寻找与DNA-PKcs蛋白结合的RNA

摘要：

目的 利用RNA免疫沉淀技术和深度测序方法寻找人骨肉瘤细胞U2OS中与DNA依赖蛋白激酶催化亚单位(DNA-PKcs)蛋白结合的RNA,进一步研究特定RNA的功能.方法 提取对照组及8 Gy剂量照射组的U2OS细胞核蛋白,选择DNA-PKcs蛋白进行免疫沉淀,将复合体中RNA分离纯化并进行鉴定,行高通量测序分析.通过生物信息学分析得到与DNA-PKcs蛋白结合的所有RNA种类和染色体分布,KEGG和GO分析得到RNA的功能分类.最后选取特定RNA分子,利用qRT-PCR方法分别对U2OS细胞总RNA及RIP提取的RNA进行表达验证.结果 U2OS细胞经8 Gy照射后DNA-PKcs蛋白结合的RNA与对照组相比,与细胞黏附相关的基因:整合素α3(integrinα3,ITGA3)、α5(ITGA5)和αV(ITGAV),以及白细胞分化抗原分化簇44(cluster of differentiation44,CD44)和多配体聚糖4(syndecan 4,SDC4)均有更强的富集.结论 成功获得了与U2OS细胞DNA-PKcs蛋白结合的RNA高通量测序库;通过测序寻找到了DNA-PKcs蛋白结合的特定RNA分子,为下一步研究其功能奠定了基础.

关键词：DNA-PKcs、RNA免疫共沉淀、RNA-seq、骨肉瘤、细胞培养技术、生物信息学

所属期刊栏目：42

分类号：R446.6(诊断学)

资助基金：国家自然科学基金资助项目31370843,31500681,31570853,81602799

在线出版日期：2018-08-23（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：194-198,215