体内与体外RNA-RNA相互作用的比较初探

摘要：

目的 通过比较in vitro与in vivo的RNA-RNA相互作用(RNA-RNA interaction,RRI),探究通过in vitro RRI推测in vivo RRI的可靠性.方法 采用perl语言编写脚本分析酵母转录组水平in vitro RNA的二级结构信息,得到可能的in vitro RRI,再与酵母的in vivo 小核仁RNA(snoRNA)-rRNA相互作用进行比较.结果 发现in vitro snoRNA-rRNA相互作用与in vivo snoRNA-rRNA相互作用的重叠率仅为23.42%(26/111);而in vitro测定的snoRNA双链片段与in vivo测定的参与RRI的snoRNA片段重叠率为38.78%(19/49);in vitro测定的rRNA双链片段与in vivo测定的参与RRI的rRNA片段重叠率为80.70%(46/57).结论 in vitro和in vivo条件下snoRNA-rRNA 的相互作用差异很大,提示in vitro条件下测定的snoRNA-rRNA 的相互作用不能真实反映它们在in vivo的相互作用.

关键词：RNA-RNA相互作用、生物信息学、RNA、小核仁、核糖体RNA

所属期刊栏目：37

分类号：Q522(核酸)

资助基金：国家973计划资助项目2010CB912801;国家自然科学基金资助项目31241404,30901577,81270420,31071157

在线出版日期：2013-10-12（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：517-520