肿瘤中GLI1RNA编辑的下调及其潜在功能分析

摘要：

目的 检测癌相关基因GLI1编码区发生的A-to-I RNA编辑,比较编辑水平在肿瘤与正常细胞系中的差异,并分析编辑事件的潜在影响,以期揭示其与癌症发生发展的关联.方法 通过PCR、RT-PCR及测序的方法检测GLI1编码区DNA和RNA序列上的差异,以此来识别该区域上的A-to-I RNA编辑事件和比较肿瘤与正常细胞系中编辑位点的编辑水平差异.使用多种生物信息学工具分析编辑事件的潜在功能影响.结果 在人脑、乳腺、小肠组织及多种细胞系中均检测到GLI1转录本上对应染色体12∶56150891的位置发生A-to-I RNA编辑,该编辑事件导致GLI1第701位氨基酸由精氨酸转变为谷氨酸.与相应的正常细胞系相比,肝癌细胞系及乳腺癌细胞系中该位点的编辑水平明显降低.生物信息学分析表明此编辑事件能改变编码的氨基酸,并可能破坏外显子剪接增强子及影响蛋白质高级结构.结论 GLI1编码区发生的A-to-I RNA编辑在人脑、乳腺、小肠组织及多种细胞系中普遍存在.该编辑事件在肝癌和乳腺癌细胞系中的下调提示其可能与癌症的发生发展相关.

关键词：GLI1、编码区、A-to-I RNA编辑、生物信息学、肿瘤

所属期刊栏目：36

分类号：R73(肿瘤学)

资助基金：国家自然科学基金资助项目30800644,31100940;国家"重大新药创制"科技重大专项资助项目2012ZX09J12106-03B

在线出版日期：2012-05-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：267-271,275