基于MPI的分子对接并行算法

摘要：

基于消息传递接口(Message Passing Interface,MPI),用两种不同的并行程序设计方法对Autadock程序进行修改.将修改后的程序应用于HIV-1蛋白酶(Protease)和小分子抑制剂XK263的对接体系,测试了并行程序的加速比和并行效率.结果表明,两种改进的并行Autodock程序都可以很好地完成计算,尤其是方案Ⅱ并行程序的加速比和并行效率更高.

关键词：分子对接、拉马克遗传算法、消息传递接口

所属期刊栏目：25

分类号：Q615;O246(理论生物物理学)

资助基金：国家自然科学基金30400087,30670497,20773006;北京市自然科学基金5072002

在线出版日期：2008-07-14（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：241-246