基于"块-单元"数据结构的分子动力学并行计算

摘要：

开发了一种基于"块-单元"数据结构的可扩展并行算法,以实现大规模、非均匀分子动力学模拟.它采用空间填充曲线将三维区域分解转换为-维负载平衡问题,然后用基于实测的多层均权法求解,以保持处理机间负载均衡.在一个MPP并行机的500个CPU上,模拟包含2.1×108个粒子的三维金属微喷射模型,该算法获得了420倍的加速比.

关键词：分子动力学、"块-单元"数据结构、空间填充曲线、多层均权法

所属期刊栏目：21

分类号：O552.3(热学与物质分子运动论)

资助基金：国家自然科学基金60273030;中国工程物理研究院重点项目2002Z01041

在线出版日期：2004-10-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：377-385