茶树CsNRT1.1基因密码子使用特性分析

摘要：

运用CUSP、Condow等程序对茶树CsNRT1.1基因、茶树基因组及不同物种NRT1.1基因进行密码子使用特性分析,并比较了CsNRT1.1基因与不同模式物种密码子使用偏好性差异.结果显示,茶树CsNRT1.1基因编码区偏好使用A/U,密码子结尾偏好使用G/C,RSCU值>1的偏好性密码子有26个,其中偏好性较强的只有AGG(RSCU>2),并偏好以G/C结尾;CsNRT1.1基因和茶树基因组中密码子偏好性存在差异,共计25个密码子使用偏好性存在明显差异,5个氨基酸密码子偏好性完全一致;CsNRT1.1等少数NRT1.1基因的ENc值较高,CAI、CBI值较低,说明其密码子使用偏好性较低,同时基因表达水平可能较低;CsNRT1.1基因与双子叶植物拟南芥、烟草及酵母菌密码子偏好性差异较小;对NRT1.1基因基于编码基因序列(CDS)组成和基于密码子偏性的聚类分析结果存在一定差异,但在一定程度上都能反映物种间的亲缘关系.

关键词：茶树、密码子、偏好性、硝态氮、CsNRT1.1基因

所属期刊栏目：35

分类号：S571.101

资助基金：国家自然科学基金项目31400587、31600558、31800590;江苏省自然科学基金项目BK20160590;江苏省农业科技自主创新基金项目CX172018

在线出版日期：2019-09-24（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：896-903