甘薯SPF1转录因子的生物信息学分析

摘要：

WRKY蛋白是一类植物特有的转录因子超家族,SPF1是第一个从植物(高系14)中克隆的WRKY家族基因.借助生物信息学手段,对甘薯SPF1蛋白组成、结构和功能进行分析预测.结果表明,SPF1编码蛋白含有丰富的丝氨酸位点,并含有2个WRKY保守结构域,分别带有CX4 CX22 HXH和CX4 CX23 HXH锌指结构,分别形成4个和5个β-折叠片.SPF1和甘薯祖先种Ipomoea trifida WRKY结构域均具有非常保守的WRKYG(Q/K)K氨基酸序列,并且C端WRKY结构域的保守性比N端WRKY结构域的低.系统进化树分析结果显示,蛋白N端和C端的WRKY结构域分属2个不同的分支.蛋白结构预测结果显示,SPF1 WRKY结构区(204～445 aa)处于蛋白三维结构的内侧,形成非亲水性靶标DNA结合区.SPF1作为转录因子,在调控细胞核基因表达的同时,其蛋白N端序列具有叶绿体定位功能.推测SPF1可能参与细胞核和叶绿体的基因表达调控.

关键词：甘薯、SPF1、转录因子、WRKY结构域

所属期刊栏目：33

分类号：S531.032(薯类作物)

资助基金：徐州市农业科学院科研基金项目2015005

在线出版日期：2017-09-15（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：760-767