利用玉米高通量RNA-Seq数据预测长链非编码RNA(LncRNA)

摘要：

非编码RNA(noncoding RNA,ncRNA)是指不具备编码蛋白质能力的RNA.其中,一类长度大于200 nt的长链非编码RNA (Long noncoding RNA,LncRNA)因其在多层面对基因表达存在调控作用而逐渐成为研究热点.但是由于缺乏有效、准确的预测手段,植物中LncRNA研究相对滞后.本研究结合植物基因组特点以及高通量RNA测序数据,通过生物信息学手段发展、优化了一套基于RNA-Seq数据的植物LncRNA筛选及鉴定方法.随后,利用玉米B73顶端分生组织RNA-Seq数据,预测了6 122条玉米LncRNA,并对其进行了全基因组物理定位.该方法为LncRNA鉴定和后续的功能分析提供了重要的基础.

关键词：长链非编码RNA (LncRNA)、高通量RNA测序、生物信息学、玉米

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分类号：Q811.4;S513.035.3(生物工程学(生物技术))

资助基金：江苏省农业科技自主创新基金项目CX122032

在线出版日期：2014-01-19（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：1248-1253