怀菊转录组中SSR位点信息分析

摘要：

以转录组测序数据为基础,利用MISA软件对简单重复序列(simple sequence repeat,简称SSR)进行检测及分析,分析怀菊转录组中的SSR位点信息,并设计SSR引物,为后期SSR标记的开发和物种遗传多样性检测等提供参考.结果 表明,共检测到8 553个SSR位点,它们分布在7 369条Unigene中,出现频率为2.83％,SSR位点的发生频率为2.44％;其中单核苷酸重复基序最多、其次为三核苷酸重复基序.怀菊转录组基序长度主要集中于12～19 bp,多具有中等多态性.对SSR序列设计引物,共得到25 662对引物可供今后使用.总之,怀菊SSR位点类型丰富,具有良好的多态性潜力及可开发性.

关键词：怀菊、SSR、位点信息、转录组

所属期刊栏目：48

分类号：S567.23+9.01(经济作物)

资助基金：2016年度中央引导地方科技发展专项资金“河南道地大宗药材种质评价及集约化种植与示范”

在线出版日期：2020-08-03（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：57-60