基于李府贡枣转录组测序的SSR和SNP特征分析

摘要：

为了简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)和单核苷酸多态性标记(single nucleotide polymorphism,SNP)开发等研究,以李府贡枣不同处理枣果实的转录组序列为基础,分析了转录组数据中SSR和SNP位点的分布.结果表明:转录组数据共获得了226488条contig序列,其中有42570条unigene在数据库中得到注释.利用鉴定简单重复序列的软件(MIcroSAtellite identification tool,MISA)进行SSR位点的搜索,共得到18016个SSR位点,SSR位点的出现频率为0.43个/kb.SSR位点共包含164种重复基元,其中以A/T类型为主的单核苷酸重复所占的比例最高(6942个,38.44％),其次是AG/CT类型为主的二核苷酸重复(6113个,33.85％)和以AAG/CTT为主的三核苷酸重复(4242个,23.49％),四核苷酸重复、五核苷酸重复和六核苷酸重复基本相同.在转录组得到的unigene中共发现SNP位点163360个,发生频率为1/254 bp,6种单核普酸变异中以Transition类型的A/G和C/T发生频率最高,分别为总数的30.80％和30.49％;其他4种Transversion类型的SNP为C/G、G/T、A/C和A/T,分别占到总数的9.83％、9.78％、9.78％和9.32％.其中Transition类型显著高于Transversion类型,在转换类型中A/G和C/T发生频率基本一致,但以A/G发生频率略高.

关键词：枣、转录组、SSR、SNP、特征分析

所属期刊栏目：47

分类号：S665.101(果树园艺)

资助基金：安徽省农业科学院院长青年创新基金16B0306;科技部科技基础性工作专项2012FY110100;安徽省一般性转移支付科技项目"黄营灵枣新品种选育及配套技术研究与应用""玉铃铛枣节本优质绿色生产技术研究与应用"

在线出版日期：2019-05-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：51-54