西藏野生甜荞碳酸酐酶基因FsCA1的克隆和生物信息学分析

摘要：

依据已公布的荞麦转录组测序信息,从Contig文库中获得了1个碳酸酐酶(carbonic anhydrase,简称CA)转录本,通过逆转录PCR(RT-PCR)扩增得到CA基因全长序列.生物信息学分析表明,FsCA1基因全长1 233 bp,开放阅读框978 bp,编码325个氨基酸;分子量35.11 ku,等电点7.59;包含9个0-螺旋、6个β-折叠、多个无规则卷曲和延伸链;含有1个信号肽和1个跨膜区;具有β-类碳酸酐酶典型的2个氨基酸保守域.亚细胞定位显示,该蛋白出现在叶绿体中的可能性最大.利用同源建模法构建了FsCA1三维结构模型,表明甜荞CA与豌豆CA同型八聚体能很好地匹配,推测甜荞CA也是同型八聚体.用实时荧光定量PCR检测FsCA1在荞麦不同器官中的表达水平,结果显示,FsCA1在叶中表达水平最高,其次是在茎中,在根中表达水平最低.

关键词：西藏甜荞、碳酸酐酶、FsCA1基因、三维结构预测、生物信息学

所属期刊栏目：45

分类号：S188(农业生物学)

资助基金：国家自然科学基金31360300、31560362;西藏自治区重点项目XZXTCX-2016

在线出版日期：2017-07-31（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：20-23