线粒体自噬相关基因在胃腺癌中的差异表达与核心基因挖掘

摘要：

目的 探讨线粒体自噬相关基因(MRGs)在胃腺癌(STAD)中的差异表达并挖掘核心基因.方法 从基因表达综合数据库(GEO)和癌症基因组图谱(TCGA)数据库获得STAD患者的临床样本信息,基于基因集富集分析(GSEA)网站和基因卡片(GeneCards)数据库获取有统计学意义的MRGs共26个;基于最小绝对值收缩与选择算子(LASSO)回归构建MRGs在STAD中的预后模型,筛选出线粒体自噬预后相关基因(MPRGs).通过基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,获得关键基因参与的生物学过程和通路;利用STRING数据库构建MPRGs的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并应用Cytoscape软件进行可视化.结果 基于LASSO回归构建的预后模型中共筛选出15个MPRGs,即ATG12、CSNK2A2、CSNK2B、FUNDC1、MAP1LC3A、MAP1LC3B、PGAM5、PINK1、SQSTM1、TOMM20、TOMM22、TOMM40、TOMM5、UBA52、UBC,均为STAD的危险因素;15个MPRGs中,UBC、UBA52基因对STAD的进展和预后影响更大,PGAM5表达与STAD的发生显著相关,ATG12基因与其他基因的功能相似性得分最高;PPI网络分析结果显示,PINK1蛋白与其他蛋白的相互作用最多.结论 15个MPRGs在STAD的发生与发展中起重要作用,或可作为STAD基因检测、治疗的靶点和STAD预后的独立预测工具.

关键词：胃腺癌、生物信息学分析、枢纽基因、差异表达基因、线粒体自噬、信号通路、生物学过程

所属期刊栏目：27

分类号：R735.2;R730.7(肿瘤学)

资助基金：国家自然科学基金81873866

在线出版日期：2023-11-06（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：1-6,11