皮肌炎差异表达基因鉴定及治疗药物预测

摘要：

目的 探讨皮肌炎(DM)可能的发病机制、潜在治疗靶点及药物.方法 从基因表达综合(GEO)数据库下载符合筛选标准的健康人群和DM患者的芯片信息.利用R语言相关软件包筛选差异表达基因(DEGs);分析DEGs的基因本体(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集情况.利用STRING在线数据库及Cytoscape软件构建蛋白质互作网络,并筛选出关键基因加以验证.基于CIBERSORT算法分析免疫细胞浸润情况,分析核心基因表达量与免疫细胞丰度的相关性.利用DREIMT在线分析工具和Coremine Medical数据库预测潜在治疗DM疾病的药物.结果 与健康人群相比,DM患者肌肉组织中上调的DEGs为402个,下调的DEGs为150个,皮肤组织中上调的DEGs为686个,下调的DEGs为284个,肌肉和皮肤共有的DEGs为170个.GO、KEGG富集分析结果显示,上述DEGs主要富集于固有免疫应答、对病毒的防御反应、细胞质、细胞质膜等条目,富集于新型冠状病毒感染疾病、甲型流感、麻疹、丙型肝炎等通路.共筛选出10个核心基因,分别为STAT1、MX1、IFIT3、OAS2、IFI35、RSAD2、IFIT1、OAS1、ISG15和IRF7e22种免疫细胞浸润中,浆细胞浸润在肌肉组织中占主导地位,而M2巨噬细胞在皮肤组织中大量渗透.核心基因分析分别预测出排名前10的小分子化学药物和9种中药.结论 本研究利用生物信息学方法筛选的关键基因及药物可能在治疗DM疾病中具有重要作用.

关键词：皮肌炎、肌肉、皮肤、差异表达基因、关键基因、生物信息学

所属期刊栏目：27

分类号：R593.2;R97(全身性疾病)

资助基金：国家社会科学基金;山西省重点研发计划项目

在线出版日期：2023-10-10（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：86-92