脊髓损伤后肌肉萎缩组织中差异表达基因的生物信息学分析

摘要：

目的 通过生物信息学方法分析脊髓损伤后肌肉萎缩患者肌肉组织的差异表达基因,筛选出与该病相关基因.方法 选取基因表达数据库(GEO)中GSE21497芯片,通过R语言软件筛选出差异基因.将筛选出的差异表达基因进行GO、KEGG分析,构建蛋白质互作用网络.使用分子复合物检测算法(MCODE)筛选相互作用紧密的显著差异表达基因.结果 筛选得出294个差异表达基因,其中8个上调表达基因,286个下调表达基因.GO富集分析中,差异基因主要存在于肌质、肌膜、肌球蛋白复合物等结构,主要涉及肌肉构成和β-连环蛋白、热休克蛋白等物质的结合,主要参与肌肉系统发育、调控细胞分化与凋亡、突触修剪等过程.通过蛋白质互相作用网络(PPI Network)筛选出18个可能与脊髓损伤后肌肉萎缩发生发展紧密相关的差异表达基因,包括TNNI1、GYS1、C1QA等.结论 本研究筛选出的差异表达基因可为深入探索脊髓损伤后肌肉萎缩的机制及治疗提供新的思路.

关键词：脊髓损伤后肌肉萎缩、差异表达基因、基因表达数据库、生物信息学分析

所属期刊栏目：25

分类号：R744;R685(神经病学与精神病学)

资助基金：福建省科技计划重点项目2016Y0017

在线出版日期：2021-04-23（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：1-6