QM/MM在计算DNA与配体评分函数的准确性研究

摘要：

目的:评估QM/MM方法和Surflex-Dock分子对接程序对DNA-配体复合物模拟的准确性.方法:从蛋白质数据库(ProteinData Bank)下载DNA-配体复合物的三维结构,利用计算机辅助药物设计的分子对接程序Surflex-Dock模拟出147个诱饵化合物(decoys)并计算其结合分数(binding score).然后将得出的分数与从QM/MM计算的结合能力以Z-score和辨别力(DP)作比较.从而评估Surflex-Dock和QM/MM的准确性.结果:Surflex-Dock的DPi值比QM/MM高,显示Surflex-Dock的辨别力较低.结论:因QM/MM计算速度慢,本研究认为Surflex-Dock可用作快速虚拟筛选,而较准确的QM/MM则适合用于对拥有较高结合分数的化合物进行再评分(rescoring).

关键词：计算机辅助药物设计、评分函数、DNA-配体、Surflex-Dock.QM/MM

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分类号：TQ015.9;TP391.9;O6-39(一般性问题)

资助基金：澳门理工学院科研项目RP/ESS-04/2016

在线出版日期：2017-11-16（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：669-672