海洋微生物宏基因组暗物质性质分析

摘要：

宏基因组存在大量基因无法注释,被称为“暗物质”.对暗物质所编码的蛋白结构和功能的认知,不但有助于对其功能的注释,也有助于这些资源更好地开发利用.本文通过将两个取自热液口附近的海洋微生物宏基因组未注释的蛋白与数据库已注释蛋白进行差异比较,并对其性状进行相关分析,结果发现两样本与常温嗜压菌蛋白质组性状类似,而与嗜热嗜压菌差异显著:谷氨酸、赖氨酸、酪氨酸含量较低,天冬酰胺、谷氨酰胺、苏氨酸、丝氨酸含量较高;另外Cvp-bias、ERK两参数同样存在明显差异.主成分分析结果表明,谷氨酸因子系数为-0.3,与PC1成负相关,相关系数0.908;谷氨酰胺、丝氨酸均为0.3,与PC1成正相关,相关系数分别为0.914、0.955,说明PC1主要体现的是温度特征,PC2则存在复合因素的影响,在温度相当的情况下能反映压力的差异.据此可推测两个样品中已经注释的蛋白质与常温嗜压蛋白性状更接近,而未注释的蛋白则与之存在差异,暗示其可能存在一些新的嗜极机制.

关键词：海洋微生物、宏基因组、暗物质、氨基酸组成、主成分分析

所属期刊栏目：33

分类号：Q936;Q938;R857(微生物学)

资助基金：国家自然科学基金项目21376103;海洋公益性行业专项经费项目201505026;华侨大学研究生科研创新能力培育计划资助项目

在线出版日期：2017-03-24（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：1313-1318