GPR109A同源建模及其与吡唑类激动剂对接模拟

摘要：

烟酸受体G偶联蛋白受体109A(GPR109A)是心血管疾病和脂代谢紊乱等疾病治疗的重要靶点蛋白,但因属于膜蛋白,其晶体结构一直未被解析,给药物设计带来极大挑战.本文基于鼠类PUMA-G晶体结构,采用同源模建的方法构建GPR109A蛋白三维结构,运用Ramachandran Plot和Profile-3D对模型进行评估,通过加力场,加膜,loop等方法对模型进行优化,得到蛋白最优模型,并计算分析得到其12个可能的活性位点.利用SYBYL-X2软件构建GPR109A的吡唑类激动剂药物小分子,通过最陡下降法和共轭梯度法得到药物小分子的最稳定构象.用Libdock方法将激动剂对接至蛋白各活性位点,获得二者作用模型.我们分析各活性位点氨基酸分布情况,并以3-羧酸5-甲基吡唑为参考分子探讨药物与各蛋白活性位点相互作用情况.本实验对设计G偶联蛋白受体109A吡唑类激动剂有理论指导意义.

关键词：G偶联蛋白受体、同源建模、活性位点、分子对接

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分类号：R914(药物基础科学)

资助基金：辽宁省教育厅科技项目L2013471;辽宁省大学生创新创业计划训练项目201511258025;大连大学大学生创新计划项目2015069,2015261

在线出版日期：2016-07-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：569-574