基于信息论方法的代谢网络模块化分析

摘要：

预测代谢网络中的功能模块对于理解这些网络的结构与功能关系具有重要的意义.但是,当前的模块化分析方法大多将代谢网络考虑为普通的复杂网络,所得模块的生物学意义较低.本文简单介绍了一种基于信息论的分析技术,该方法通过描述图中信息的扩散过程,考察随机行走轨迹描述长度的变化来识别网络的模块化结构.随后,构建了苏云金杆菌的代谢网络模型,并提取了模型中的核心成分,该部分包含了118个节点和158条连线.最后,使用上述方法对苏云金杆菌代谢网络的核心成分进行了模块化分析,得到了11个功能模块,这些模块均对应于1-2个独特的KEGG途径,结果表明识别的模块均具备较好的生物学意义,该方法可用于识别代谢网络中的功能模块.

关键词：代谢网络、复杂网络、信息论、模块化

所属期刊栏目：31

分类号：TP339(计算技术、计算机技术)

资助基金：安徽省教育厅自然科学研究项目KJ2013B167;池州学院“计算机应用技术”重点培育学科项目2011XK07

在线出版日期：2014-05-07（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共3页

页码：207-209