抑癌基因p53密码子偏好性分析及其突变致癌预测

摘要：

p53是人类恶性肿瘤中最常见的突变基因,与人类肿瘤的发生相关性最高,也是基因研究中热度最高的基因之一.为深入研究人类p53基因突变机理,选取了6条人类p53基因mRNA序列.首先,利用基于RSCU方法下的多重变量分析软件CodonW对影响密码子使用的各项参数进行计算和统计分析,分析可得,密码子适应指数(CAI)与最优密码子使用频率(FOP)、密码子偏爱指数(CBI)均呈极显著正相关(p＜0.01)；有效密码子数(ENC)与密码子偏爱指数(CBI)、GC含量、GC3s、最优密码子使用频率(FOP)、第三位碱基G3s、密码子适应指数(CAI)均呈极显著负相关(p＜0.01).然后,再利用QRSCU编码方法,对p53密码子偏好性间距进行了分析设计,得出了基于拟氨基酸编码的方法能充分体现p53密码子对同义密码子的一致偏好性的结论,且p53基因更偏好使用以c或g结尾的同义密码子.以上各项参数也充分验证了拟氨基酸编码方法与p53密码子偏好性研究结果的紧密关联性.最后,结合前人对抑癌基因p53突变致癌的研究,对该6条基因序列作了病变预测,从而为人类恶性肿瘤的预防和预测提供重要的理论依据.

关键词：抑癌基因p53、偏好性、同义密码子、突变、QRSCU

所属期刊栏目：29

分类号：O29;TP391;Q617(应用数学)

资助基金：国家自然科学基金11271163

在线出版日期：2013-02-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：1299-1303