子结构检索中关系数据库插件的使用和效率

摘要：

采用关系数据库插件能够实现化合物描述符(FingerPrint)的生成、建立索引和化合物的子结构检索.本文以PubChem 有机化合物Molfile为数据源,在Oracle关系数据库上分别安装插件OrChem(JAVA)和Bingo(C++)构建了化合物分子结构数据库.本文从FingerPrint的构成和索引策略两方面讨论了OrChem和Bingo的主要差异,并选取10个特征化合物进行子结构检索测试.对存储40万种化合物的分子结构数据库的测试结果显示,OrChem可满足用户检索响应,Bingo则更为快捷.对于存储2600万种化合物的分子结构数据库,针对Bingo通过优化Oracle数据库内存管理、数据表结构、子结构预筛选参数,实现了满足用户的高效检索.

关键词：分子结构数据库、子结构检索、关系数据库插件、预筛选

所属期刊栏目：28

分类号：TQ015.9;TP391.9;O6-39(一般性问题)

资助基金：中国科学院信息化专项资助项目INF-115-C01-SDB3-03

在线出版日期：2012-03-16（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：1419-1423