密码子用法数据库辅助工具CUDassist的开发

摘要：

密码子用法的研究是遗传密码的进化、基因的水平转移、基因表达的调控和异源表达的优化等领域不可或缺的内容.2个重要的密码子用法在线服务密码子用法数据库(CUD)和图形化密码子用法分析器(GCUA)为研究者提供了有力的数据支持,但仍存在一些问题,如密码子用法数据库可接受的检索方式过于单一,在特定密码子用法表(CUT)中Fraction参数值显示有误,图形化密码子用法分析器仪提供2个密码子用法表的比对视图等.本文针对这些问题,研发了密码子用法数据库辅助工具"CUDassist",做出4个改进: (1)增加密码子用法数据库的可检索方式;(2)修正密码子用法数据库中Fraction值显示错误的问题;(3)在密码子用法表中直接给出相对适应度(RA)参数值;(4)提供多个密码子用法表的比对视图.从而为研究者提供更方便、准确和丰富的密码子用法的信息,并在一定程度上有效融合了密码子用法数据库和图形化密码子用法分析器的功能,实现一站式服务.

关键词：密码子用法数据库、图形化密码子用法分析器、密码子偏好、相对适应度、CUDassist软件

所属期刊栏目：27

分类号：TP31;Q81(计算技术、计算机技术)

资助基金：国家自然科学基金资助项目21076172;国家自然科学基金资助项目30770059;高等学校博士学科点专项科研基金20070385001;福建省高校产学合作科技重大项目2010H6023

在线出版日期：2011-04-11（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：1613-1616