分子动力学模拟软件GROMACS向GPGPU移植初探

摘要：

GROMACS是著名分子动力学模拟软件之一,GPGPU技术能够使用图形处理器完成通用计算,是高性能计算的最新发展趋势.本文通过对Nvidia CUDAGPGPU编程模式以及GROMACS代码的研究分析,论证了将GROMACS移植到以GPGPU为计算核心的平台上的可行性,并通过算法和参数数据组织形式的改造实现了GROMACS中非键力计算函数从x86处理器向GPGPU的移植,获得显著的性能提升,计算加速比达到10倍以上,为GROMACS整体移植的实现奠定了基础.

关键词：分子动力学、GROMACS、GPGPU、CUDA

所属期刊栏目：27

分类号：TQ015.9;TP391.9;O6-39(一般性问题)

资助基金：国家自然科学基金20336040,20221603;中国科学院创新课题基金0822121119;多相复杂系统国家重点实验室开放课题资助2008-8

在线出版日期：2011-04-11（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：1603-1606