Pathway Hunter Tool在代谢途径分析中的应用

摘要：

随着重建的基因组规模代谢网络越来越多,自动化的生物化学途径分析方法显得越来越重要,已经有多种基于此的途径分析工具开发出来了.其中,Pathway Hunter Tool(PHT)是主要用于分析代谢网络的最短路径、代谢物和酶负载点和瓶颈,以及计算相关统计学数据(如平均路径长度、平均节点连接度等)的工具.本文首先简介PHT,随后用它分析E.coli K-12MG1655代谢网络中α-D-葡萄糖和丙酮酸之间的最短路径及其代谢网络的瓶颈,最后计算4种典型生物的平均路径长度、平均节点连接度以及它们代谢网络中节点连接度最高的10种代谢物.结果表明它的分析与计算快速、准确,加之其用户界面友好、便于操作,因此可以作为代谢途径分析的强有力工具.

关键词：代谢途径、最短路径、平均路径长度、平均节点连接度

所属期刊栏目：25

分类号：TP339;Q5(计算技术、计算机技术)

资助基金：国家重点实验室基金AML-0404

在线出版日期：2008-05-19（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：81-84