药物分子对接中的构象搜索策略

摘要：

药物分子对接设计是大规模数据库筛选的理想途径.本文在介绍分子对接理论的基础上,建立了一个数学规划模型,将分子对接中的构象搜索转化为约束极小化问题,并采用带有空间收缩的小种群遗传算法进行求解.在遗传算法中还引入了信息熵的概念,用熵控制各种群搜索空间的收缩.本方法用种群的多样性避免了遗传进化的早熟现象,以空间收缩尺度作为停机判据,有效地控制了算法的收敛.在多种群进化机制上,采用小种群策略,极大程度地减少了计算量,提高了分子对接的效率.实例表明本方法适用于药物分子对接设计.

关键词：分子对接、结合位点、遗传算法、信息熵

所属期刊栏目：21

分类号：O631(高分子化学（高聚物）)

资助基金：国家重点基础研究发展计划973计划19990328;国家自然科学基金10272030

在线出版日期：2004-09-02（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：201-205