基于甲骨文数据库管理系统的化学结构检索数据库的设计与实现

摘要：

设计了一种基于大型数据库管理系统Oracle的化学结构数据存储模式,并实现了相应于此模式的高效化学结构检索方法.结构检索方法建立在图子图匹配算法VF2的基础上,对其进行了必要的改造和扩展,使之适合于化学结构检索.在此基础上,针对美国NCI(National Cancer Institute)25万个化合物的2D结构建立了数据库,成功进行了结构检索试验.结果表明,这种实现方法不仅能高效存储并准确检索化合物的结构信息,而且也容易实现与药物研发过程中所产生的大量其它数据(如生物筛选数据和DNA芯片基因表达数据等)进行高效整合.这个设计的改进版已经集成于微芯公司的药物研发生化信息学软件系统--TASS(Target Activity Structure System)中.

关键词：化学结构数据库、VF2算法、结构检索、Oracle、药物开发、化学基因组学

所属期刊栏目：20

分类号：O665.4;O657.32

资助基金：国家高技术研究发展计划863计划2002AA234021,2002AA234041,2002AAl04270,2002AA223146;广东省生物技术新药开发项目;广东省深圳市药物创新平台与新药开发项目

在线出版日期：2004-04-09（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：556-562