基于人工免疫系统的蛋白质相互作用网络聚类算法

摘要：

提出了一种基于人工免疫特性的蛋白质相互作用(PPI)网络聚类模型与算法以期提高其辨识准确率.在该算法中将聚类中心作为抗原,将邻接的节点作为抗体,通过计算抗体与抗原之间的亲和度,将其作为记忆细胞把节点划分到聚类中;然后选择优秀抗体作为疫苗,尝试将疫苗注入聚类模块并进行更新,通过与注射前的模块适应度进行比较,不断更新记忆细胞.对PPI数据集上的数据进行了仿真,实验结果表明,与功能流算法(FLOW)相比,所提方法的正确率和查全率的几何平均值均得到了提高.

关键词：人工免疫系统、蛋白质相互作用网络、聚类、记忆细胞、疫苗

所属期刊栏目：33

分类号：TP391.4(计算技术、计算机技术)

资助基金：国家自然科学基金资助项目61100164,61173190;教育部留学回国人员科研启动基金资助项目教外司留[2012]1707号;陕西省2010年自然科学基础研究计划青年基金资助项目2010JQ8034;中央高校基本科研业务费专项资金资助项目GK201302025

在线出版日期：2014-01-02（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：3567-3570