桌面网格计算平台在多序列比对算法中的运用

摘要：

提出了一种多序列比对ClustalW算法并行化处理的新方法ParaClustalW,该方法使用桌面网格计算平台作为高性能编程环境和运行平台.分析了多序列比对算法在桌面网格平台上的任务划分方式、并行化策略和实现技术.ParaClustalW策略考虑到序列的数目与序列的长度等因素,实现任务划分的均衡性.经实验证明,ParaClustalW方法具有较好的计算速度和加速比,在同等机器配置下,优于当前的一些计算方法,对多序列比对算法的研究具有参考价值.

关键词：桌面网格计算、计算模型、序列比对、生物信息学、并行计算

所属期刊栏目：20

分类号：TP3;TN9

在线出版日期：2011-06-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：169-172,209