基于组合模型的转录调控网络构建算法研究

摘要：

转录调控网络一直是系统生物学和生物信息学领域的一个研究热点.构建转录调控网络为揭示细胞 内的生化反应机制提供了重要的手段.目前该领域的研究存在生物数据利用不充分,基因转录调控网络构建精度低等问题,尤其是在比较大的数据集上.针对以上问题,充分利用基因表达数据、基因序列数据和基因注释数据,提出了基于深度自编码器的XGBoost和逻辑回归组合模型DAXL(combined model with XGBoost and logistic regression based on deep AutoEncoder).最后,在拟南芥数据集上进行了实验,结果表明DAXL方法提高了转录调控网络的预测精度,并且较对比方法优势明显.

关键词：转录调控网络、深度自编码器、XGBoost、逻辑回归

所属期刊栏目：12

分类号：TP391(计算技术、计算机技术)

资助基金：The National Natural Science Foundation of China under Grant Nos. 61571163, 61532014, 61671189, 91735306;the State Key Research and Development Project of China under Grant No. 2016YFC0901902

在线出版日期：2018-08-14（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：1154-1161