BioSeg:一个生物序列数据模型

摘要：

生物序列数据的表达和存储是生物序列数据处理的关键.当前的数据库管理系统不能有效地支持生物序列数据类型和操作,人们不得不用文本数据类型或直接使用文本文件存储生物序列数据.这种状况造成了生物序列比对、模式发现等数据处理的低效率.研究了生物序列数据的特征,分析并归纳了用户对生物序列数据的查询需求,提出了一个新的生物序列数据模型BioSeg.BioSeg模型由描述部分和多维数组组成,描述部分表示生物序列注释和其他相关信息,多维数组表示具体序列(如DNA序列"ATCCCGTA").BioSeg模型提供了实现生物序列数据查询的代数操作.相对于生物序列数据的文本存储方式,BioSeg模型提供的数据查询具有良好的效率和灵活性.

关键词：生物序列、数据库管理系统、数据模型、生物信息学

所属期刊栏目：2

分类号：TP311(计算技术、计算机技术)

资助基金：国家自然科学基金60573093;国家高技术研究发展计划863计划2006AA022329

在线出版日期：2008-05-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共20页

页码：77-96