基于双加权投票的蛋白质功能预测

摘要：

蛋白质是完成重要生物活动所必需的分子.准确掌握蛋白质功能,将对生命科学研究及应用起到极大的促进作用.高通量技术的发展产生了海量的蛋白质序列,利用计算技术预测大规模蛋白质功能已成为当今生物信息学的核心任务之一.目前,作为蛋白质功能预测的研究热点,基于蛋白质相互作用网络的预测方法在降低数据噪声影响、充分利用网络拓扑特性及整合多源数据等方面仍不够完善.文中结合带阻力随机游走得到的全局拓扑相似度,及功能术语的语义相似度,设计了一种双加权投票蛋白质功能预测算法BiWV;并在此基础上整合了生物通路信息,提出了带生物通路的双加权投票算法——BiWV-P.在酿酒酵母和人类数据集上,对所提算法与TMC,UBiRW和Pro-HG 3种算法的预测效果进行对比分析.实验结果显示,算法BiWV和BiWV-P能够有效预测蛋白质功能,并在许多数据集上获得较其他算法更高的微正确率与微F1.

关键词：蛋白质相互作用网络、功能预测、随机游走、语义相似度、生物通路

所属期刊栏目：46

分类号：TP391(计算技术、计算机技术)

资助基金：国家自然科学基金项目61762015 ,61502111 ,61662007 ,61763003 ,广西自然科学基金项目2015GXNSFAA139288 ,"八桂学者"工程专项 ,广西科技基地和人才专项AD16380008

在线出版日期：2019-05-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：222-227