一种基于片段组装的蛋白质构象空间优化算法

摘要：

针对蛋白质构象空间优化问题,提出一种基于片段组装的构象空间优化算法.算法利用基于Rosetta粗粒度的知识能量模型有效地提高了收敛速度;同时,借助片段组装技术可以有效弥补因能量函数不精确而导致的预测精度不足的缺陷;此外,差分进化算法的引入使得算法具有较好的全局搜索能力.5种测试蛋白的实验结果表明,所提算法具有较好的搜索性能和预测精度.

关键词：蛋白质结构预测、片段组装、差分进化算法、Rosetta粗粒度能量模型

所属期刊栏目：42

分类号：TP301.6(计算技术、计算机技术)

资助基金：国家自然科学基金61075062,61379020;浙江省自然科学基金LY13F030008;浙江省科技厅公益项目2014C33088;浙江省重中之重学科开放基金20120811;杭州市产学研合作项目20131631E31

在线出版日期：2015-04-15（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：237-240