基于Pthreads的并行DSRC压缩算法设计与实现

摘要：

高通量测序仪产生大量的DNA数据,FASTQ是被广泛使用的存储DNA数据的数据格式.对FASTQ格式的数据进行压缩处理,能有效地节省存储空间.DSRC算法具有压缩比高的优点,因此对DSRC算法进行并行能提高压缩FASTQ格式的DNA数据的效率.基于Pthreads,实现了并行DSRC算法.测试结果表明,当使用4线程时加速比达到3.5.

关键词：FASTQ、数据压缩、DSRC、Pthreads

所属期刊栏目：42

分类号：TP317(计算技术、计算机技术)

资助基金：国家“八六三”高技术研究发展计划基金2012AA010903;国家自然科学基金项目61170075,61133005,61272136,61100073;广州市云计算技术研发与产业化专项资助

在线出版日期：2015-02-06（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共3页

页码：90-91,100