二代测序技术454测序仪模拟测序算法

摘要：

随着环境基因组学及深度测序技术的发展,基于16S rRNA基因序列研究微生物种群结构取得了长足进展.然而,由于环境样本的复杂性,尤其缺少真实背景信息,定量研究环境微生物种群结构仍是当前的研究难点.测序算法仿真平台研究,不仅有助于定量、定性分析微生物种群组成及结构,而且有助于建立基准数据库来评价当前微生物数据分析算法.分别基于易错PCR误差模型和正态分布过程,模拟454测序仪乳液PCR过程及边合成边测序过程,提出454测序仪模拟测序算法(Tsim).仿真结果表明:该模拟算法能较好地模拟454测序过程.

关键词：16S rRNA基因、模拟测序算法、PCR误差模型、正态分布过程、454测序仪

所属期刊栏目：41

分类号：TP311.52(计算技术、计算机技术)

资助基金：国家自然基金重点项目61135001;国家自然科学基金61170134,60775012;航空基金20100853010;西北工业大学博士论文创新基金cx201017

在线出版日期：2014-03-19（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：261-263,284