基于改进细胞链表算法的分子动力学模拟性能优化模型

摘要：

在改进的细胞链表算法中,细胞大小的减少会降低该算法的通信量和粒子之间距离计算的次数,同时会增加邻居细胞的数量.多细胞分子动力学算法是分子动力学模拟中普遍使用的并行算法.将改进细胞链表算法的基本思想应用到多细胞分子动力学算法中,推导出了一个分子动力学模拟性能评价模型,并据此提出一个优化模型来加速分子动力学模拟.实验结果表明,根据该优化模型确定的细胞大小可以提高分子动力学模拟程序的性能.

关键词：并行计算、细胞链表算法、多细胞分子动力学算法、性能评价、细胞大小的优化

所属期刊栏目：40

分类号：TP391.9(计算技术、计算机技术)

资助基金：中国科学院计算机系统结构重点实验室开放课题CARCH201108;北京市教委重点学科XK100080537

在线出版日期：2013-03-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：12-15