一种GPCR跨膜螺旋形变的建模方法

摘要：

跨膜螺旋是GPCR的最主要特征,单个螺旋的预测精度直接影响GPCR整体三维结构的预测.GPCR螺旋形变预测是一个挑战性的难题.该形变用发生形变的残基位置和该位置前后两端螺旋的夹角表示.基于目前已知的所有GPCR的跨膜螺旋结构,根据螺旋序列相似度进行聚类,然后在每类中对形变角度用连续型yon Mises概率分布来建模.对建模后GPCR跨膜螺旋的形变角度进行了回归和预测测试.基于本文方法的模型,只需进行15次采样,就会有一次的采样结果近似符合天然螺旋的形变角度,这在很大程度上能够帮助跨膜螺旋空间结构的预测.

关键词：GPCR跨膜螺旋、序列相似性、形变建模、连续概率分布

所属期刊栏目：39

分类号：TP391.4(计算技术、计算机技术)

资助基金：国家自然科学基金60970055,61170125

在线出版日期：2013-01-05（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：209-213