RNA二级结构预测算法

摘要：

@@ 1引言
热动力学最小自由能量方法预测RNA二级结构起始于Tinoco等人[1].1975年Pipas与Mcmahom首先进行了最小化自由能量的计算方法的研究[2],其时间复杂度为O(2n),且仅用于小于200个核苷酸的短序列.Studnicka等进一步定义了折叠RNA分子的精密的拓朴规则[3],其算法的时间复杂度为O(n5),该算法需要人为干预,对较长序列的解一般是次最优的.Nussinov首次引入动态规划算法[5],算法只考虑临近碱基的相互作用,其时间复杂度为O(n3).Zuker首次将动态规划算法用于复杂的Tinoco自由能量模型,设计了mfold算法,算法的时间复杂度为O(n3)[6].Sankoff对mfold算法的性质进行了严格的理论分析[7].

机标关键词：二级结构、预测算法、复杂度、规划算法、自由、能量模型、人为干预、热动力学、能量方法、理论分析、计算方法、法的性质、核苷酸、短序列、次最优、长序列、折叠、拓朴、设计、精密

所属期刊栏目：29

分类号：TN9;TP3

在线出版日期：2005-04-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：275-278