枚举单体型组装问题多个最优解的遗传算法设计

摘要：

单体型组装问题就是根据个体基因组测序获得的DNA序列数据重构出该个体的一对单体型.目前单体型组装问题的各种优化计算模型已有相关的启发式算法和参数化精确算法,但是这些算法只能得出一个最优解,即一对单体型.可是生物问题的最优解往往不是唯一的,或者真实解可能只是接近最优的.该文设计了一个新的能枚举出最优的多个解的遗传算法.实验结果表明该算法具有较高的单体型重建精度,并为生物学家根据领域知识在算法获得的多个解的基础进一步选择提供了可能.

关键词：单核苷酸多态性、单体型、启发式算法、生物信息学

所属期刊栏目：46

分类号：TP301(计算技术、计算机技术)

资助基金：湖南省自然科学基金the Natural Science Foundation of Hunan Province of China under Grant 09JJ3116;中国博士后科学基金一等资助the Postdoctoral Science Foundation of China Under Grant 20090450189

在线出版日期：2010-06-02（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：7-9,17