异构机群系统上双序列全局比对并行算法

摘要：

对于处理机节点具有不同的计算速度、通信延迟和存储容量的异构机群系统,考虑通信启动开销,基于可分负载理论,提出一种双序列全局比对问题并行处理的最优分配策略,利用该策略确定出并行迭代次数和分配给各个从处理机的子序列长度.异构PC机群系统上的实验结果表明,提出的双序列全局比对并行算法优于基于平均分配策略的并行比对算法,获得良好的加速和可扩展性.

关键词：双序列比对、并行算法、异构机群系统、可分负载

所属期刊栏目：45

分类号：TP338.6(计算技术、计算机技术)

资助基金：国家自然科学基金the National Natural Science Foundation of China under Grant 60563003

在线出版日期：2009-04-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：58-61