Weighted SVM在蛋白质磷酸化位点预测中的应用

摘要：

Weighted SVM是标准SVM针对非均衡样本的改进.首次将Weighted SVM用于蛋白质磷酸化位点的预测,在最新版的蛋白质磷酸化数据集PhosphoBase上,取得了目前为止最好的分类精度.k-fold交叉验证和独立测试集实验的结果表明,通过对样本数相对较少的正样本赋予较大的惩罚参数,Weighted SVM有效地改善了分类器向负样本方向的"偏斜",提高了总的预测正确率以及(正样本)查全率.

关键词：Weighted SVM、蛋白质磷酸化、生物信息学、数据挖掘

所属期刊栏目：42

分类号：TP391(计算技术、计算机技术)

资助基金：中国科学院资助项目10371063;科技部专项基金2004BA711A21;国家科技攻关项目2003AA412020

在线出版日期：2006-04-13（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：155-157,167