超级多重基因组序列比对算法

摘要：

大量同源的长基因组序列的多重比对需要高效率的比对算法.论文开发出一个新的比对工具"超级多重基因组比对"(简称SMGA),该系统是建立在序列突变与比对的"模代数"理论基础上专为长基因组序列的多重比对设计的.SMGA在一台主频2.8G的PC机上完成平均长度约5M的9条有机菌基因组的多重比对的时间大约为35min.论文还使用模拟数据对SMGA的比对精确度做了估计.

关键词：多重序列比对、"模代数"理论、后缀树、锚定

所属期刊栏目：41

分类号：TP301.6(计算技术、计算机技术)

资助基金：国家自然科学基金10271061,90208022;天南大联合研究项目;刘徽应用数学研究中心资助项目

在线出版日期：2005-11-03（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共3页

页码：13-15