基于动态规划的DNA二级结构预测算法

摘要：

基于DNA分子二级结构的结构稳定性和热力学稳定性,提出一种预测DNA分子二级结构的算法.利用基于矩阵的动态规划算法求解DNA分子最大碱基对匹配的所有二级结构;利用Nearest-Neighbor热力学模型计算所有结构的自由能,自由能在阈值范围内的即为DNA分子可能的二级结构.将实验结果与RNAstructure软件结果进行对比,对比结果表明,该方法具有较高的准确率和覆盖范围.

关键词：生物信息学、结构稳定性、热力学稳定性、DNA二级结构、最大碱基对匹配、Nearest-Neighbor热力学模型

所属期刊栏目：35

分类号：TP301.6(计算技术、计算机技术)

资助基金：国家自然科学基金项目61100055、61033003、60974112、91130034;湖北省自然科学基金项目2011CDB233

在线出版日期：2014-10-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：3080-3084,3223