多核并行技术在分子动力学模拟中的应用

摘要：

为了充分利用多核处理器资源,研究了一种用于分子动力学模拟中的多核并行技术.在多核处理器上利用OpenMP 技术实现多线程创建与同步、动态设置子线程的调度运行方式以及负载均衡以减少子线程执行等待时间.通过对不同分子体系结构下的动力学模型测试,得出在不同子线程下并行计算的时间,并且得到了良好的性能加速比.实验结果表明,采用OpenMP并行技术可有效地提高电荷求解过程在分子动力学模拟运算中的时间效率,以及多核计算机资源的利用率.

关键词：多核、多线程、并行、MPI、OpenMP、分子动力学模拟

所属期刊栏目：32

分类号：TP319(计算技术、计算机技术)

资助基金：国家自然科学基金项目26033050

在线出版日期：2012-03-16（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：3395-3398