ED算法和SNP-index算法计算SNP位点的比较分析 ——以拟南芥为例

摘要：

SNP(单核苷酸多态性)是发生在DNA序列上单个核苷酸碱基之间的变异,是生物可遗传变异中最常见的一种变异.ED算法和SNP-index算法是计算SNP位点的2种常用算法.由高通量测序获得拟南芥F2代全基因组测序数据,基于Linux平台对测序数据进行过滤、筛选和比对,通过算法实现结果,比较不同算法检测得到的SNP位点数量和SNP基因型比例.实验结果表明,通过ED算法得到的SNP位点数量更多,分布更广,相对分布密度大于SNP-index算法的,但是2种算法得到的SNP位点数量和SNP基因型比例相近.

关键词：单核苷酸多态性(SNP)、生物信息、ED算法、SNP-index算法

所属期刊栏目：44

分类号：TP301(计算技术、计算机技术)

资助基金：福州理工学院校级科研基金项目FTKY21053

在线出版日期：2022-04-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：707-712