10.3969/j.issn.1007-130X.2017.06.002
基于神威太湖之光的NAMD软件的移植与优化
纳米级粒度分子动力学NAMD是基于Charm++并行编程模型的开源免费分子动力学模拟软件,能够在大规模并行计算机上快速模拟百万原子级别的大分子体系.太湖之光是中国自主研发的超级计算机,峰值性能为125.4 Pflop/s,共有1 000多万个核心,整机Linpack效率不低于70%.NAMD在空间上对原子进行划分,在计算上对力进行划分,充分曝露出单步模拟的并行度,并通过CHARM++对负载平衡进行调控.针对NAMD进行模拟计算时的特点,移植并优化了NAMD的核心计算代码,让其能够更好地运行在超级计算机神威太湖之光上,优化后性能提高了近20倍,单个核组的性能较IntelXeonE5-2650 v2提高3倍.扩展性方面目前至多可达到325万核的并行度,突破百万核大关.
分子动力学模拟、神威超级计算机、异构多核处理器
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TP393.027(计算技术、计算机技术)
2017-07-18(万方平台首次上网日期,不代表论文的发表时间)
共9页
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