基于KL散度的RNA-Seq数据差异异构体比例检测

摘要：

近年来,RNA-seq技术被广泛应用于差异表达基因和异构体的检测,但目前大多数方法都是识别单个异构体的差异表达,无法同时检测同一个基因中所包含异构体表达比例的差异,因此提出一个差异异构体比例检测方法.该方法基于先前设计的sLDASeq模型,运用该模型中隐含变量的概率分布,采用KL散度进行差异异构体比例的分析.首先使用最新的SEQC数据集评估sLDASeq模型表达水平的性能,结果表明该方法能准确地估计基因中异构体的比例.接着通过模拟数据集进行差异异构体比例的检测,与其他方法相比,实验结果表明该方法在差异异构体比例检测方面具有较高的准确性.

关键词：RNA-Seq、基因异构体表达水平、平滑LDA、KL散度、差异异构体比例

所属期刊栏目：39

分类号：TP181(自动化基础理论)

资助基金：国家自然科学基金61170152

在线出版日期：2017-03-07（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：158-164