基于GPU的固态晶体硅分子动力学算法优化

摘要：

分子动力学模拟通常用于晶体硅热力学性质的研究,因原子间采用复杂的多体作用势,分子模拟通常面临较高的计算负载,导致计算的时间和空间尺度受限.图形处理器(GPU)采用并行多线程技术,用于计算密集型处理任务,在分子动力学模拟领域中显示巨大的应用潜力.因此,充分利用GPU硬件架构特性提升固态共价晶体硅分子动力学模拟的时空尺度对晶体硅导热机制的研究具有重要意义.基于固态共价晶体硅分子动力学模拟算法,提出面向GPU计算平台的固定邻居算法设计与优化.利用数据结构、分支结构优化等方法解决分子动力学模拟的固定邻居算法全局访存和分支结构的耗时问题,降低数据访存消耗和分支冲突,通过改变线程并行调度方式,在GPU计算平台上实现高性能并行计算,有效解决计算负载问题.实验结果表明,LAMMPS双精度固态晶体硅分子动力学模拟与双精度固定邻居算法的加速比为11.62,HOOMD-blue双精度固态晶体硅分子动力学模拟与双精度固定邻居算法和单精度固定邻居算法的加速比分别为9.39和12.18.

关键词：分子动力学模拟、图形处理器、固定邻居、数据结构、分支结构

所属期刊栏目：49

分类号：TP391.9(计算技术、计算机技术)

资助基金：国家自然科学基金;国家自然科学基金;北京市自然科学基金;河南省重大科技专项项目

在线出版日期：2023-03-17（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：288-295