基于网络表示学习的miRNA功能相似性研究

摘要：

miRNA是一类重要的非编码小RNA分子, 与癌症等疾病有密切的关系.目前研究者已经识别大量miRNA, 但是多数miRNA的功能仍然未知.为此, 提出一种网络表示学习的miRNA功能相似性计算方法.通过miRNA的相关数据集如目标基因和关联疾病可以有效地计算miRNA的功能相似性, 从而预测疾病相关的候选miRNA.利用不同类型生物数据集构建miRNA相关多源网络, 采用网络表示学习的方式为网络中的每一个miRNA节点学习一个特征向量, 进而使用特征向量来衡量miRNA的相似性.实验结果表明, 与DeepWalk方法相比, 该方法在同一家族的miRNA中能够取得较高的得分, 并且可以在已有的数据库中找到疾病候选miRNA验证记录.

关键词：功能相似性、网络表示学习、网络嵌入、多源网络、特征向量

所属期刊栏目：45

分类号：TP393(计算技术、计算机技术)

资助基金：国家高技术研究发展计划2015AA020105-10;上海市科委基金16JC1400800, 17511105502

在线出版日期：2019-05-31（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：154-159